Correa nombró en el cargo al vicealmirante retirado Homero Arellano, ex comandante de la Marina, en sustitución del dimitente Francisco Jijón, quien ejercía desde junio de 2009, cuando el mandatario creó la entidad dentro de un primer proceso de reestructuración. Arellano, un experto en desarrollo marítimo, se desempeñaba como secretario general de la vicepresidencia.
El gobernante ha señalado fallos en los servicios de inteligencia por no advertir de la sublevación que dejó 10 muertos y 274 heridos, y que denunció como un intento de golpe de Estado. En tal sentido, anunció una nueva reorganización. "Estamos ciegos, en cero, en materia de inteligencia para seguridad interna", admitió Correa en una entrevista publicada el lunes por el periódico mexicano La Jornada.
El presidente indicó al diario que en marzo de 2008, cuando se registró el ataque de Colombia contra un campamento de la guerrilla de las FARC en territorio ecuatoriano fronterizo, con saldo de 25 muertos, la seguridad de Ecuador informó primero a la embajada de Estados Unidos que a su gobierno. "Ahí nos damos cuenta de que estas unidades recibían presupuesto de Estados Unidos", añadió Correa, quien aseguró que hay evidencias de que el entonces jefe de la seguridad del Estado, Mario Pazmiño, "era empleado de la CIA".
"Por supuesto, hubo traición en ciertos sectores de la inteligencia de la policía" y en el ejército también, sostuvo.
El 30 de septiembre, cientos de policías se amotinaron contra una ley que derogó bonificaciones para la fuerza pública.
Los uniformados retuvieron a Correa durante varias horas en un hospital donde se había refugiado tras ser agredido cuando intentaba aplacar la protesta. El mandatario fue rescatado en un operativo de soldados y policías leales, en medio de un fuerte tiroteo.
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