Arzobispos
La independencia de España dividió a la iglesia peruana. José de San Martin exilio a los obispos de Maynas, Trujillo y Huamanga por realistas.
Solo dos monseñores se plegaron a la causa libertaria: José Calixto Orihuela del Cusco y José de Goyeneche y Barreda de Arequipa.
El Arzobispo de Lima Bartolomé María de las Heras apoyo al virrey Joaquín de la Pezuela entregándole dinero. Sin embargo, no lo acompaño en su retirada a la sierra.
Las Heras se quedó en Lima, fue uno de los firmantes del acta de la independencia el 15 de julio de 1821 y asistió a la ceremonia de la proclamación el día 28.
Bernardo Monteagudo le exigió que no brinde asilo a nobles españoles en locales religiosos. Las Heras antes de ser obligado a no cumplir con sus labores humanitarias, renuncio a su dignidad arzobispal y viajo a España en setiembre de 1821.
El deán Francisco Javier Echague asumió el gobierno eclesiástico de Lima no siendo obispo. Debido a la edad avanzada de Orihuela, el único prelado en actividad y con pleno uso de sus facultades que quedó en todo el territorio que abarcaba Perú, Bolivia, Chile y Ecuador fue el monseñor Goyeneche.
Esta situación duró 14 años. El 20 de agosto de 1835 fue consagrado Arzobispo de Lima, Jorge de Benavente.
Con este nombramiento, el Papa Gregorio XVI reconoció en los hechos a la nueva republica del Perú.
La emancipación fue una etapa muy difícil para la iglesia peruana.
La ausencia de obispos acentuó la escasez de vocaciones sacerdotales. Asimismo, el patrimonio eclesial fue afectado grandemente. Tanto realistas como patriotas le impusieron contribuciones además de confiscaciones.
Simón Bolívar llegó a requisar en las parroquias del norte del país una cantidad de plata equivalente a medio millón de pesos de entonces.
La ofensiva de las ideas liberales y anticlericales y la debilidad de las diócesis no impidieron que en las constituciones de 1823 y 1826 se estableciera que el Perú es un país católico, apostólico y romano.
Esta alta consideración en las primeras cartas magnas se debió también a la intervención del influyente político Francisco Javier de Luna Pizarro, sacerdote arequipeño, legislador opositor a las poses autoritarias de Bolívar.
En conclusión, gracias a una gran capacidad de adaptación, la iglesia peruana superó el proceso del inicio republicano. Un trance que cuestionó seriamente la misión de preservar su continuidad.